旋風分離器靠含塵氣流在筒體內旋轉完成除塵過程，所以其運行操作和維護管理較其他機械式除塵器重要得多。旋風分離器的運行包括啟動、運行、停車，維護工作主要是常見故障的分析、預防和排除。
啟動前的檢查 1.檢查各單個旋風分離器是否安裝完畢，具備啟動條件。無問題后方可啟動。 2.檢查每個旋風子安裝結合部的氣密性；檢查除塵器（組）與煙道結合部、除塵器 與灰斗結合部、灰斗與排灰裝置、輸灰裝置結合部的氣密性。要確保沒有足以影響旋風分離器性能漏灰、漏氣現象。 3.檢查完畢后，關小擋板閥，以免通風機過負荷。啟動通風機，無異常現象，逐漸開大擋板使除塵器（組）通過規定數量的含塵氣體。
運行注意事項 1.注意磨損部位的變化。旋風分離器容易被粉塵磨損的部位是與高速含塵氣體相碰撞的外筒的內壁。2.注意檢查氣體濕度變化，氣體濕度降低時（系統運行或停爐所致），容易造成粉塵的附著、堵塞和腐蝕現象。3.注意壓差變化和排出煙色狀況。因磨損和腐蝕而使
旋風除塵器穿孔和導致粉塵排放，于是效率下降，排出煙色惡化，壓差發生變化。4.注意檢查
旋風分離器各連接部位的氣密性，檢查各單元旋風筒氣體流量和集塵濃度的變化。
